Bonjour Franck,
Je me réfère à la règle B IV 3 des règles du Duel Commander que tu peux trouver sur
http://duelcommander.com/fr/rules/
Celle-ci dit :
"Lancer un commandant depuis la zone de commandement coûte 2 supplémentaires pour chaque fois qu’il a été précédemment lancé depuis la zone de commandement"
La mue est un coût de lancement alternatif certes, mais c'est tout de même un coût de lancement qui vient depuis la ZONE DE COMMANDEMENT. N'ayant pas vu d'article précis concernant la mue, je considère que ce coût alternatif s'applique à la même règle. Quel que soit le moyen de lancement, dès l'instant que ton commandement est lancé depuis sa zone de commandement, tu devras payer 2 manas supplémentaires à chaque fois qu'il est retourné dans sa zone après la première.
Tu joueras donc, si ma théorie est correcte, ton commandant en tant que 2/2 pour 3, puis pour 5, puis pour 7 etc...
En espérant t'avoir aidé (et ne pas m'être trompé

)
EDIT : je te conseille d'aller voir sur les règles p26, il y a un exemple concernant les commandants sous "forme" de mue.
Le lien :
http://duelcommander.com/wp-content/uploads/2013/07/Duel_Commander_rules_FR_20130715.pdf