Une première chose pour eviter les confusions :
Une aura sur le champ de bataille ne cible pas ce qu'elle enchante (elle l'a ciblé uniquement quand elle était un sort d'aura, donc au moment où elle a été lancée jusqu'à sa résolution).
Cela dit, il y a une règle qui dit qu'une aura attachée à un permanent/carte/joueur illégal pour elle ou attachée à rien doit être mise dans le cimetière. comme l'usine ne correspond plus au "Enchanter : créature", spirit Link sera bien mise au cimetière.
Pour les marqueurs +1/+1 ou -1/-1 (ou autres), aucune règle ne dit qu'ils doivent disparaitre si le permanent sur lequel ils sont cesse d'être une créature, donc ils restent. Ils n'auront pas d'effet si le permanent n'est plus une créature (et en auront à nouveau si le permanent en redevient une).
heurement, car le pauvre
Llanowar Reborn ne servirait plus à grand chose.
ça a toujours été ainsi. pas de nouvelle règle.
Pour le cryptage, c'est assez similaire au cas des marqueurs. ce qui est important c'est que le permanent sur lequel la carte est encryptée était une créature à la résolution du sort avec cryptage. Ce qui lui arrive par la suite n'a strictement aucune importance. L'effet qui donne la capacité de copier la carte s'en fiche complètement du moment qu'il reste sur le champ de bataille.